我国的冷链物流起步比较晚，与发达国家相比存在较大的差距。在流通率、预冷方面，远远落后于西方发达国家。我国冷链物流发展面临以下难题。
第一，冷库分布不均。据中冷联盟统计，2019年全国冷库容量为4600万吨，其中山东、上海、广东发展速度较快，冷库容量居前列，西南地区发展较慢，冷库分布存在不均衡的状况。
第二，冷链投入成本高。冷链物流不仅仅是单纯制冷，还要适当的保持恒温状态，其成本比常温物流运输要高。而冷链物流成本不是单一的物流成本，还需考虑到产品质量源头的产品成本，以及因物流服务质量不同而产生的货损、货差等综合成本。
我国果蔬产地的内陆各省市市场冷库容量比较低，造成冷链物流在生产源头缺乏预冷，产生源头“断链”。如果果蔬运输在源头“断链”了，那么运送到目的地时果蔬的质量就可能得不到保障，导致果蔬的运输成本提高了。
而且，从冷链物流的产业链来看，中下游的冷链仓储和流通环节都能加大冷链运输成本。数据显示，我国常温物流运输的利润率高于冷链物流运输的利润率，这对降低冷链物流的高额成本这一现象并没有起很大的改善作用。
第三，冷链物流人才资源短缺。冷链物流对技术的专业性要求很高，包括冷链运输设备以及冷链物流信息化体系的建设等，这些都是需要专业人员来完成，而我国专业物流人才的培养速度与物流业发展速度并不匹配，从而限制了冷链物流的发展进度。
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